과학중점학교는 일반계 고등학교에서 과학·수학 교육을 강화함으로써, 인문 소양과 심도 있는 과학 지식을 겸비한 인력을 양성하는 것을 목표로 하고 있다.
과학중점학교는 시도교육청의 자율학교로 지정되고, 교육청별 지원 계획에 따라 각종 행·재정적 지원을 받으며, 교과부 차원에서도 과학중점과정 학급당 연 2천만원 규모로 3년간 지원할 예정이다. 또한, 한국과학창의재단내 과학중점학교지원센터를 두어 컨설팅 등 학교 운영을 종합적으로 지원하게 된다.
후기 일반계고 모집 방식에 따라 신입생을 모집하고, 교육청별로 필요에 따라 과학중점과정 이수를 희망하는 학생들이 우선적으로 배정받을 수 있다. 학생들은 이론 교육과 더불어 과학체험활동과 실험·탐구 중심의 교육을 받게 된다.
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